Tras la conquista de Cáceres en 1229, al amparo de su fuero de población y de conquista surgieron una serie de aldeas que constituyeron el Sexmo de Cáceres, entre ellas la Aldea de Aliseda, que por su situación y fertilidad de su suelo creció rápidamente.

Al ser lugar de tránsito por su puerto natural ya que era el único pueblo entre Portugal y la villa de Alburquerque sufre las consecuencias de las guerras de 1386 y 1397sostenidas por D. Juan I de Portugal. Fue saqueada quemada y destruida por la hueste del Condestable D Nuño Álvarez Pereira conocida como el Duque de Alburquerque, hasta el punto que únicamente quedaron cinco casas.

En 1426 recibe el Concejo de Cáceres la Carta – Merced que exime a Aliseda de pagar tributos para procurar su repoblación. Tales privilegios los confirmaron Juan II en 1429 y los Reyes Católicos en 1486, y los posteriores monarcas hasta 1760.

Carlos III concedió el Marquesado de Aliseda a favor de Doña Isabel de Moctezuma.

Fue residencia de la Real Audiencia Territorial durante unos meses en 1809 debido a la Guerra de la Independencia.

En 1790 encontraron una cabrita de bronce, relacionada con la diosa indígena Ataecina o Adaegina, monedas romanas y griegas.